《机动战士高达SEED DESTINY》是《机动战士高达SEED》的续集，描绘“高达SEED”两年后的世界。《高达SEED》主要设立在“非战”的主题之上，而《机动战士高达SEED DESTINY》则是描绘“为何会发生战争”这个主题。
本作于日本时间2004年10月9日至2005年10月1日下午六点在当地MBS、TBS系播放，逢周六播出。台湾版权由博英社取得，并于2005年10月8日起由中国电视公司在每周六播放。香港无线电视则译为《机动战士特种命运》，自2006年6月24日至2007年7月7日于无线电视翡翠台和AXN播放。